区划优化调整融合后，杭州市上城区人民检察院共有12个内设机构，其中业务部门9个：第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部，主要负责刑事犯罪检察等工作；第五检察部主要负责刑事执行检察及立案侦查部分职务犯罪案件等工作；第六检察部主要负责民事检察等工作；第七检察部主要负责行政检察和公益诉讼等工作；第八检察部主要负责未成年人检察等工作；第九检察部（挂公益损害与诉讼违法举报中心牌子）主要负责控告申诉检察、案件管理等工作；综合部门3个，分别是政治部、办公室和检务保障部（挂司法警察大队牌子）。